Po upływie tygodnia od uformowania stosu kompostowego wzrasta w nim temperatura. Wzrost ten utrzymuje się przez 2—3 tygodnie. Procesy fermentacji przebiegają prawidłowo w temperaturze 45—55°C. Dlatego w okresie wzmożonej fermentacji niezbędne jest kontrolowanie temperatury wnętrza stosu. Używa się do tego celu termometrów umożliwiających pomiar do 80—100°C. W celu dokonania pomiaru wykonuje się w stosie otwory i zanurza termometr na głębokość ok. 70 cm. Jeśli temperatury są wyższe niż 55°C, stos należy ugnieść, zmniejszając dopływ powietrza.

Osiadanie stosu świadczy o osłabieniu procesów biochemicznych skutkiem przefermentowania masy oraz zmniejszenia dopływu powietrza. Jest to również sygnał do ponownego przerobienia stosu. W okresie wegetacji stosy przerabia się, w zależności od potrzeb, 2—4-krotnie.

Bardzo duże znaczenie w procesach kompostowania ma wilgotność kompostowanej substancji, która powinna wynosić 60—70%. W związku z tym w okresach susz niedobory wody należy uzupełniać dostarczając ją co tydzień w ilościach ok. 30 l na każdy m3 kompostu.

Przerabianie kompostu jest pracochłonne, dlatego w miarę możności należy je mechanizować. Przerabiać należy w taki sposób, aby masa z górnych części stosu została przemieszczona na spód stosu nowo formowanego i odwrotnie — masę pobraną ze spodu należy przemieszczać na wierzch.

Istnieje wiele sposobów przerabiania stosów kompostowych. Jeden ze sposobów polega na przerzucaniu masy kompostowej przy zastosowaniu ładowarki chwytakowej współpracującej z ciągnikiem. Ciągnik z ładowarką w miarę postępu pracy przesuwa się wzdłuż stosu. Sposób drugi polega na użyciu dwóch ciągników, z których jeden współpracuje z ładowarką chwytakową, a drugi z roztrząsaczem obornika. Ciągnik z ładowarką przesuwa się do tyłu przerzucając masę ze stosu na przyczepę rozrzutnika obornika, z której następnie jest ona przemieszczana w miejsce nowo formowanego stosu. Sposób drugi, chociaż droższy (zatrudnia się dwa ciągniki), jest jednak o wiele dokładniejszy — kompostowana masa jest dobrze rozdrobniona. W obydwu sposobach końcowe prace uzupełniające dokonuje się ręcznie.