Podłoża z materiałów pochodzenia naturalnego mogą mieć nieodpowiedni odczyn. Zbyt kwaśny odczyn podłoża reguluje się przez wapnowanie, najlepiej wapnem nawozowym zawierającym węglan wapnia. Dawkę wapna potrzebną do uzyskania odpowiedniego poziomu pH określa się zwykle laboratoryjnie, na podstawie kwasowości hydrolitycznej podłoża. Można to również zrobić dodając wzrastające od 0 co 0,1 g ilości wapna do oddzielnych próbek podłoża o objętości 100 ml, które zalewa się 250 ml wody i odstawia na 24 godziny, a następnie mierzy pH. Po przeliczeniu określa się dla pożądanego pH dawkę wapna na 1 m3 podłoża.

Ponieważ z odczynem podłoża wiąże się możliwość pobierania składników pokarmowych przez sadzonki, powinien być on dostosowany do wymagań ekologicznych określonych gatunków. Według różnych źródeł optymalne pH dla sosny zwyczajnej, wejmutki, jedlicy zielonej, modrzewia oraz dębu czerwonego wynosi 4,0—5,0 dla świerka pospolitego i kłującego, jodły pospolitej i olbrzymiej, żywotnika olbrzymiego i zachodniego, dębu szypułkowego i bezszypułkowego, olszy czarnej i szarej, brzozy brodawkowatej i omszonej — 4,5—5,5, sosny czarnej i buka zwyczajnego — 5,0—6,0, klonu zwyczajnego i jaworu, lipy drobnolistnej i szerokolistnej, topoli i osiki szarej — 5,5 do 6,5.

Wapnowanie podłoża najlepiej jest przeprowadzić jesienią lub wczesną wiosną, najpóźniej na dwa tygodnie przed siewem lub szkółkowaniem. Trzeba to robić z wyczuciem, gdyż większość gatunków drzew leśnych rośnie lepiej na podłożu kwaśnym. Nie są one też wobec odczynu podłoża całkowicie bierne i mogą modyfikować je zgodnie ze swymi wymaganiami. Łatwiej też podłoże kwaśne zaszczepić grzybami mikoryzowymi. Natomiast wapnowanie sprzyja rozwojowi grzybów zgorzelowych oraz przyspiesza rozkład podłoża; skraca to okres jego wykorzystywania. Optymalne warunki wzrostu i rozwoju sadzonek można często zapewnić przez właściwe pogłówne nawożenie mineralne oraz przez użycie do deszczowania wody odpowiedniej jakości.

Wzbogacenie podłoży w składniki pokarmowe (tzn. nawożenie startowe) polega na jednorazowym dodaniu nawozów zawierających potrzebne makro- oraz mikroelementy. Korzystniej jest stosować do tego celu nawozy wolniej działające albo mieszanki nawozów wolniej i szybciej działających. Przy dodawaniu nawozów w formie stałej należy je dokładnie wymieszać z podłożem. Nawożenie startowe podłoża wykonuje się najpóźniej na dwa tygodnie przed zamierzonym siewem nasion lub szkółkowaniem sadzonek. Wielkość dawek nawozowych jest uzależniona od wyjściowej zasobności podłoża; może być ona ustalona na podstawie analiz chemicznych i wymagań sadzonek. W celu uproszczenia zabiegu nawożenia startowego zaleca się mieszać nawozy, które można ze sobą łączyć, lub — co jest korzystniejsze — stosować gotowe wieloskładnikowe nawozy pełne (mieszanki) zawierające NPK i MG oraz mikroelementy.

Dla sadzonek leśnych rosnących w warunkach kontrolowanych optymalne okazały się następujące proporcje makro- i mikroelementów w nawozie mineralnym: N —100, K — 65, P —13, S — 9, Mg — 8,5, Ca — 7, Fe — 0,7, Mn — 0,4, B — 0,2, Cu — 0,003, Zn — 0,033, Mo — 0,007, Na — 0.003 i Cl — 0,03.

Z dotychczasowych badań wynika, że do startowego nawożenia mineralnego podłoży nadają się, mimo nieco innej proporcji składników pokarmowych, mieszanki nawozowe Fructus I i II, Mikro, Vitaflor, Mis 4, Azofoska i Polifoska. W zależności od zasobności nawożonego startowo podłoża i gatunku sadzonek dawki nawozu pełnego mieszczą się zwykle w zakresie 1—3 kg/m3 podłoża.

Podłoża wykorzystywane dłużej do produkcji sadzonek wykazują mimo właściwych zabiegów uprawowych i pielęgnacyjnych, podobnie jak gleby, szereg niekorzystnych objawów, zwanych zmęczeniem. Polegają one nie tylko na utracie żyzności i produktywności podłoży, ale także na pogorszeniu ich właściwości fizycznych, chemicznych i biologicznych oraz, wskutek zmniejszenia sterylności, na liczniejszym wystąpieniu grzybów pasożytniczych, nicieni i stonóg, a również chwastów. Proces ten przebiega różnie w zależności od rodzaju podłoża. Na przykład podłoże torfowe traci swe korzystne cechy szybciej niż korowe. Wykładanie corocznie świeżej górnej warstwy podłoża opóźnia proces jego zmęczenia. W tym kierunku działa też zmiana gatunków sadzonek uprawianych w kolejnych latach.

Innym sposobem przeciwdziałania zmęczeniu podłoża jest stosowanie ugorowania zielonego. Polega to na przerwaniu cyklu produkcji sadzonek przez uprawę roślin motylkowych oraz innych tworzących dużo masy organicznej, która ulega łatwo rozkładowi (np. seradela, wyka, peluszka, gryka, gorczyca, facelia) i mogących dać dwa plony w ciągu roku. Łubin jest raczej mniej przydatny. Po przerobieniu z podłożem nie ulega on tak szybko rozkładowi, a jego resztki sprzyjają rozwojowi grzybów zgorzelowych. Najlepiej, gdy stosuje się równoczesny wysiew mieszanki nasion roślin motylkowych i niemotylkowych (np. 12 g/m2 nasion peluszki, wyki, gorczycy i facelii zmieszanych w stosunku 2:2:1:1) Korzystne jest uprzednie zaszczepienie podłoża bak teriami lub promieniowcami wiążącymi azot z powietrza. Po sezonie uprawy wspomnianych roślin pomocniczych i po ich przerobieniu z podłożem, w następnym roku nadaje się ono znów do produkcji sadzonek.

Dla uwolnienia podłoża od patogenów, niekiedy już w drugim, lub częściej w trzecim roku konieczna jest jego dezynfekcja termiczna lub chemiczna. Ponieważ dezynfekcja termiczna, polegająca na parowaniu wyjętego podłoża w parnikach lub pozostającego na grzędzie parą doprowadzoną przez system perforowanych rur jest dosyć kłopotliwa, częściej przeprowadza się zabieg chemiczny. Zwykle zlewa się podłoże wodnymi roztworami środków dezynfekcyjnych (np. formaliny) lub grzybobójczych (np. preparatami zawierającymi pięciochloro-nitrobenzen, tiuram lub metylo-dwutiokarbaminian sodu).

Stosuje się też środki przeciw szkodnikom, a także chwastom (głównie herbicydy doglebowe). Rzadziej do dezynfekcji stosuje się preparaty pyliste, które muszą być dokładnie wymieszane z podłożem. Wspomniane wyżej zabiegi przeciwdziałające zmęczeniu podłoży i ich zachwaszczeniu są często na tyle uciążliwe, że lepiej zastąpić po kilku latach, zwykle 3—5, stare podłoże nowym. Usuwane podłoże można wykorzystać do przygotowania kompostu. Wysiew nasion lub szkółkowanie siewek na zdezynfekowanym chemicznie podłożu może nastąpić dopiero po upływie okresu karencji, zastosowanego środka.