Kolejność, intensywność i nawrót czyszczeń późnych uzależnia się od tych samych czynników biologicznych co w czyszczeniach wczesnych. Termin rozpoczęcia pierwszego zabiegu w młodniku będzie zależał od tego, czy młodnik był pielęgnowany w okresie czyszczeń wczesnych, czy też nie. Z zabiegami czyszczeń późnych wkracza się do młodnika po jego dojściu do zwarcia i rozpoczęciu się procesu oczyszczania. Wskazane jest przeprowadzać czyszczenia często, lecz ostrożnie, unikając zbyt silnych prześwietleń i przerywania zwarcia młodnika. Po całym cyklu zabiegów pielęgnacyjnych młodnik powinien nadal pozostać należycie zwarty.

Młodniki sosnowe, dębowe i bukowe wymagają utrzymania silniejszego zwarcia, natomiast modrzewiowe, świerkowe, jodłowe, jedlicowe i jesionowe wymagają wcześniejszego rozpoczęcia pielęgnowania korony. Pierwszą grupę młodników należy poddać zabiegom bardziej umiarkowanym i rzadszym, drugą- silniejszym i częstszym.

Każdy młodnik powinien być traktowany indywidualnie. Młodniki mieszane, na lepszych siedliskach, o silnym potencjale wzrostu, wymagają częstszych zabiegów. Młodniki lite i na gorszych siedliskach - zabiegów rzadszych. Czyszczenia późne powinny być prowadzone we wszystkich młodnikach zakwalifikowanych do dalszej hodowli, niezależnie od ich składu gatunkowego, struktury oraz wyznaczonego celu produkcyjnego. W młodnikach wielogatunkowych liściastych, pochodzących z samosiewu, oraz młodnikach powstałych z zaniedbanych siewów należy przeprowadzić co najmniej dwa zabiegi pielęgnacyjne w odstępie 4-5 lat. W młodnikach mieszanych z udziałem gatunków szybko rosnących oraz w młodnikach mieszanych złożonych z kilku gatunków liściastych i iglastych cienioznośnych konieczne są częstsze zabiegi, powtarzane co 2-3 lata. W litych młodnikach sosnowych i świerkowych, zwłaszcza pochodzących z sadzenia w luźnej więźbie, może wystarczyć jeden do dwóch zabiegów pielęgnacyjnych w okresie czyszczeń późnych.

W młodnikach liściastych najlepszą porą przeprowadzenia czyszczenia późnego jest przedwiośnie i wczesna wiosna. Młodniki są wówczas nagie, pozbawione listowia, a poszczególne wady i braki drzew łatwiej zauważyć. Cięcie w okresie spoczynku wegetacyjnego nie niszczy siły odroślowej drzew. W młodnikach iglastych najlepszą porą przeprowadzenia zabiegu jest koniec lata i początek jesieni, a więc wrzesień i październik. Ze względu na duże powierzchnie młodników wymagających czyszczenia, wykonuje się je przez cały rok, z wyjątkiem okresu najbujniejszego pędzenia i największej wrażliwości młodych pędów (od maja do połowy lipca). Zima nie jest dogodnym okresem do przeprowadzenia czyszczeń, ze względu na trudności poruszania się i uciążliwość pracy w gęstych młodnikach pokrytych śniegiem.