Rozmiary komór chłodniczych zależą w sposób oczywisty od przewidywanych ilości nasion i od sposobu załadowania komór pojemnikami. Należy przy tym uwzględnić kształt i wielkość pojemników, rozmieszczenie półek w chłodni i pojemników na półkach oraz przestrzeń niezbędną do poruszania się ludzi i przemieszczania wózków czy podnośników widłowych w komorze. Wysokość komory należy przewidzieć taką, by możliwy był ruch powietrza tłoczonego przez wentylatory, również ponad półkami.

Mieszanie powietrza w komorze jest niezbędne dla wyrównania jego temperatury. Konieczna jest też dobra izolacja cieplna wszystkich ścian, stropu, posadzki i drzwi chłodni. Wskazane jest, by przed drzwiami chłodni znajdowała się śluza cieplna lub by za nimi zainstalować w tej samej futrynie drugie drzwi z przejrzystej grubej płyty polietylenowej, samorzutnie się zamykające po każdym otwarciu. Chroni to wnętrze komory przed wzrostem temperatury w następstwie częstego otwierania i zamykania drzwi. Po ustabilizowaniu się zaprogramowanej temperatury, regulowanej przez odpowiednio nastawiony termostat, przy możliwie niskiej amplitudzie wahań, zużycie energii elektrycznej maleje, a urządzenia zużywają się wolniej.

Ze względu na bezpieczeństwo personelu musi być możliwe otwieranie drzwi komór również od wewnątrz. Komora powinna też być odpowiednio oświetlona, zaopatrzona w system sygnalizacji alarmowej typu „człowiek w komorze” i oświetlenie awaryjne. W komorach przeznaczonych do przechowywania nasion kategorii „recalcitrant” trzeba też liczyć się z akumulacją dwutlenku węgla, stąd należy zapewnić w nich możliwość odświeżania składu powietrza. Żołędzie przechowywane w znacznych ilościach są zdolne modyfikować w krótkim czasie skład gazowy powietrza w komorze. Ważną jest więc rzeczą, by ze względu na personel i same nasiona możliwa była z zewnątrz kontrola stężeń tlenu i dwutlenku węgla w komorze.

Niezbędny jest również system usuwania szronu i lodu z parowników systemu chłodzącego. W przeciwnym razie efektywność systemu chłodzenia komory zostanie obniżona, co może być szczególnie dotkliwe podczas letnich upałów. W komorach chłodniczych nastawionych na temperatury ujemne, futryny drzwi chłodniczych wyposaża się w ogrzewane uszczelki, w celu zabezpieczenia się przed powstawaniem lodu i obmarzaniem drzwi. Pożądany jest system zdalnego pomiaru i rejestracji temperatury w komorze. Nie można też pomijać sprawy zapobiegania ewentualnym przerwom w dostawie energii elektrycznej. Jeżeli komora chłodni jest dobrze izolowana, a jej drzwi nie otwiera się bez potrzeby, przebieg samorzutnego wzrostu temperatury w komorze i nasion w niej przechowywanych jest po ustaniu pracy agregatu chłodniczego powolny. Ryzyko wzrostu temperatury jest wysokie w przypadku nasion kategorii „recalcitrant”, z konieczności wysoce uwodnionych i oddychających intensywnie. Komora powinna być więc wyposażona w system (świetlny i dźwiękowy) sygnalizujący przekroczenie (w górę i w dół) zaprogramowanego zakresu temperatury. Wysoka wartość przechowywanego materiału nasiennego nasuwa też konieczność wyposażenia stacji we własny generator energii elektrycznej.

W większych urządzeniach chłodniczych istotne jest zainstalowanie zapasowych agregatów chłodniczych, na wypadek awarii urządzeń pracujących w ruchu ciągłym. System podgrzewania futryn drzwi chłodniczych należy na czas awarii wyłączyć spod napięcia.