Bardzo często, zanim nasiona zostaną pozyskane z owoców lub poddane takim zabiegom jak odskrzydlanie, czyszczenie lub podsuszanie, trzeba je prowizorycznie składować. W tym czasie są one tym bardziej narażone na utratę żywotności, im wyższa jest ich wilgotność i temperatura pomieszczenia i im grubsza jest warstwa nasion. W okolicznościach niesprzyjających wzrasta intensywność ich oddychania, co wyraża się wzrostem temperatury, aktywacją mikroorganizmów i zapoczątkowaniem procesów fermentacyjnych. W warstwie jeszcze grubszej, gdy np. owoce (nasiona) są zwalone w stos, może dojść do oddychania tzw. beztlenowego, co obniża żywotność większości nasion. Intensywność tego procesu ulega spotęgowaniu w obecności bakterii i grzybów.

Należy sobie zdawać sprawę z faktu istnienia dwu odmiennych kategorii nasion (owoców): pierwszą nazwano po angielsku „orthodox”. Termin ten wprowadził badacz brytyjski Roberts (1975), oznaczając nim nasiona znoszące dobrze nawet znaczne odwodnienie i dlatego nadające się do przechowywania. Roberts przeciwstawił je drugiej kategorii nasion, nazwanej przez niego „recalcitrant”, których nie powinno się odwadniać ze względu na możliwą wtedy utratę żywotności. Z tego też powodu ich przechowywanie jest związane ze znacznymi trudnościami.

Podczas prowizorycznego składowania nasiona niektórych gatunków powinny być szczególnie chronione przed odwodnieniem, nawet nieznacznym - dotyczy to nasion z kategorii „recalcitrant”, gdy ich wilgotność zbliża się do poziomu krytycznego. W przypadku żołędzi oraz skrzydlaków klonu srebrzystego i jaworu, należących do tej właśnie kategorii, wskazane jest określenie ich wilgotności bezpośrednio po przystąpieniu do składowania, co pomoże podjąć odpowiednie decyzje. Wilgotność dojrzałych owoców (nasion) z kategorii „orthodox”, a więc znoszących częściowe lub całkowite odwodnienie jest po zbiorze jeszcze znaczna, zwłaszcza gdy nasiona nadal pozostają wewnątrz owocu mięsistego (czereśnia ptasia). Nawet wtedy, gdy wilgotność nasion jest względnie niska (klon zwyczajny, jesion lub grab), to nadal jest ona zbyt wysoka dla przechowywania w obniżonej temperaturze.

We wszystkich tych przypadkach owoce należy składować w jak najcieńszej warstwie, co wymaga dużej powierzchni magazynowej. Tak mają się rzeczy zwłaszcza wtedy, gdy w krótkich odstępach czasu gromadzone są partie nasion niewymagających szybkiego przystąpienia do ostatecznej obróbki (czyszczenie, suszenie. Nasiona znoszące częściowe, a w pewnych przypadkach nawet silne odwodnienie (kategoria „orthodox”) zaleca się podsuszyć, choćby częściowo, już podczas rrowizorycznego składowania. Może to dotyczyć również nasion wrażliwych na podsuszanie (kategoria „recalcitrant”), jeżeli ich wilgotność po zbiorze jest zbyt wysoka. Odnosi się to szczególnie do nasion zebranych w okresie z częstymi opadami deszczu lub przy wysokiej wilgotności powietrza.

W przypadku zbioru wczesnego, pod koniec wiosny lub latem, miejsce prowizorycznego składowania powinno być bezwarunkowo przewiewne, zabezpieczone przed deszczem i promieniami słonecznymi. Same nasiona należy chronić przed nadmiernym i niepożądanym wysychaniem. Po późno przeprowadzonym zbiorze nasiona powinny być w miejscu składowania zabezpieczone przed spadkiem temperatury poniżej 0°C, zwłaszcza nasiona należące do kategorii „recalcitrant” (np. żołędzie), mogące ulec uszkodzeniu lub zniszczeniu ze względu na słabą odporność na mróz, związaną z ich wysoką wilgotnością. Podczas takiego składowania należy też chronić nasiona przed dostępem ptaków i gryzoni. Z tego powodu pomieszczenia składowe powinny być zamykane, okna muszą być zaopatrzone w żaluzjowe okiennice, a otwory okienne dodatkowo zabezpieczone siatką metalową o drobnych oczkach. Zaleca się też podłogi drewniane, niemalowane, bez szpar.

Do prowizorycznego składowania nasion, a w razie potrzeby i do wstępnego ich podsuszania, wskazane są podwójne podłogi - druga podłoga winna być ustawiona na podporach 22-25 cm ponad stałą podłogą. Umożliwia to wentylację tych podłóg również od dołu. Nasiona można wtedy też z łatwością zsypać z podwyższonej podłogi do podstawionych, płytkich pojemników przed ich dalszym transportem, np. do czyszczalni czy suszarni. Na tym etapie znacznie bardziej ryzykowne, niż to sobie można wyobrazić, jest powierzenie nasion osobom niekompetentnym.

Poszczególne partie nasion, nawet gdy reprezentują ten sam gatunek, powinny być wyraźnie oddzielone od siebie przegrodami z desek lub belek i oznaczone trwałymi etykietami zaopatrzonymi w podstawowe informacje (gatunek, numer partii, miejsce pochodzenia, data zbioru, ciężar).

Owoce (nasiona) rozrzuca się na podłodze równomierną warstwą. Grubość warstwy zależy od wilgotności owoców (nasion) oraz od ich budowy. Owoców nieuskrzydlonych, zwłaszcza mięsistych, nie należy składować w grubej warstwie. Owoce uskrzydlone można rozrzucać grubszą warstwą, gdyż skrzydełka nie utrudniają zbytnio dostępu powietrza do owoców głębiej położonych. Grubość warstwy owoców (nasion) można stopniowo powiększać w miarę upływu czasu składowania, jesiennego spadku temperatury oraz w miarę stopniowego ich podsychania. Sprawia to, że powierzchnia zajmowana przez daną partię nasion ulega zmniejszeniu. Zbyt wilgotną partię nasion należy w regularnych odstępach czasu mieszać (np. przez szuflowanie), aby jej wilgotność stopniowo malała. Chodzi też równocześnie o uniknięcie samozagrzewania się nasion, zwłaszcza w głębszych warstwach i w narożnikach, które przy mieszaniu łatwo pominąć. Praktycy wiedzą, że temperatura świeżo zebranych żołędzi, pozostawionych w szczelnych workach, może w ciągu jednej nocy ulec znacznemu podwyższeniu. Sytuacja ulega dalszemu pogorszeniu, gdy zbiór przebiegał w okresie częstych opadów deszczu, a składowane nasiona były zbyt wilgotne.

Nasiona w całej swej masie miesza się szuflą lub mieszarką mechaniczną, początkowo raz lub dwa razy dziennie, a potem coraz rzadziej. Grubość warstwy świeżo zebranych żołędzi nie powinna przekraczać 10 cm. Wilgotność nasion w suchym pomieszczeniu maleje stopniowo - dolną dopuszczalną granicą jest dla żołędzi 40%, dla skrzydlaków jaworu 24%, odpowiedni poziom wilgotności można utrzymać na niezmiennym poziomie przez ewentualne rozpylanie wody nad nasionami i przez szuflowanie. Gdy temperatura zewnętrzna spada poniżej 0°C, okna czy okiennice powinno się pozamykać, a nasiona (żołędzie lub bukiew) okryć workami jutowymi. Szuflując nasiona należy się wystrzegać ich uszkadzania, zwłaszcza przez deptanie.

Prowizoryczne składowanie jest ważnym i krytycznym dla nasion etapem traktowania w okresie pomiędzy zbiorem a wysiewem. Już wtedy żywotność nasion może ulec niekorzystnym zmianom, a nawet całkowitemu unicestwieniu przez niewłaściwe obchodzenie się z nimi. Czas prowizorycznego składowania nasion winien ulec skróceniu do okresu ograniczonego przez wydajność urządzeń do dalszej obróbki. Nie powinien on przekraczać kilku do kilkunastu dni, w najgorszym razie kilku tygodni. Do prowizorycznego składowania nadają się pomieszczenia nieogrzewane i przewiewne (stodoły, spichrze, szopy, poddasza), łatwo dostępne z miejsca, do którego dowozi się nasiona. Gromadzone nasiona powinny być chronione przed bezpośrednim promieniowaniem słonecznym, a zwłaszcza przed ciepłem, akumulowanym przez nagrzane słońcem pokrycia dachowe i dachówki. Ważne jest też zapewnienie łatwego transportu nasion z miejsca składowania do maszyn i urządzeń do dalszej obróbki (wydobywanie z miąższu, suszenie, czyszczenie, sortowanie itp.).

W miejscu składowania nasion powinna znajdować się waga do ważenia przyjmowanych partii, ponadto narzędzia do mieszania nasion (szufle, mieszarki mechaniczne lub inne), środki wewnętrznego transportu (wózki, skrzynie i palety) i ewentualnie przenośniki taśmowe czy rolkowe (transportery).

Należy sobie zdawać sprawę z tego, że silnie uwodnione nasiona znajdujące się w stanie spoczynku reagują na temperaturę miejsca składowania. Jesienią temperatura spada, a gdy w pomieszczeniu z nasionami stabilizuje się na poziomie umożliwiającym ustępowanie spoczynku (1 - 5°C), proces ten w nasionach jest inicjowany lub kontynuowany, jeżeli rozpoczął się już w lesie, po opadnięciu nasion (owoców) na ziemię. Dzieje się tak w przypadku nasion buka lub żołędzi dębu czerwonego o wystarczająco wysokim poziomie wilgotności. W miarę przedłużania składowania spoczynek częściowo ustępuje, jednakże dzieje się to w niekontrolowanych warunkach. Dlatego też czas prowizorycznego składowania nasion w chłodzie dolicza się do okresu koniecznego przebywania w obniżonej temperaturze.