Drzewa mateczne gatunków rodzimych wybiera się tylko w wyłączonych drzewostanach nasiennych i w gospodarczych drzewostanach nasiennych.

Przy wyborze drzew matecznych analizuje się przede wszystkim ich cechy jakościowe, gdyż są w znacznie większym stopniu uwarunkowane genetycznie niż cechy ilościowe - przyrostowe, na które można wpływać np. przez nawożenia czy rzadszą więźbę.

Zgłaszane do uznania drzewa powinny spełniać następujące warunki:

1. widocznie dominować pod względem wysokości i grubości nad otaczającym drzewostanem,
2. posiadać odpowiedni wiek; wiek zgłaszanych drzew nie powinien być niższy niż:
   • 40 lat - dla brzozy, olszy czarnej i lipy,
   • 60 lat - dla modrzewia, jedlicy i wejmutki,
   • 80 lat - dla sosny pospolitej i czarnej, świerka, jodły
   • oraz 100 lat - dla dębu i buka;
3. wykazywać pełną żywotność i zdrowotność,
4. charakteryzować się częstym i obfitym obradzaniem nasion,
5. mieć strzałę całkowicie oczyszczoną, prostą oraz reprezentować pożądane właściwości techniczne drewna,
6. posiadać wąską, długą i regularną koronę, nie krótszą niż 1/4 wysokości drzewa i nie szerszą niż 1/2 jej długości; drzewa o takich koronach nie cierpią od śniegołomów i wiatrołomów, dobrze się oczyszczają, mają gładkie strzały,
7. mieć gałęzie cienkie, wyrastające ze strzały pod kątem zbliżonym do prostego,
8. wykazywać duże przyrosty pędów.

Kandydatów na drzewa mateczne wybiera się w drzewostanach nasiennych spośród drzew najlepszej jakości. Po zaobserwowaniu takiego drzewa trzeba je tymczasowo oznaczyć i przesłać kartę zgłoszenia do nadleśnictwa. Pierwszej oceny trafności typowania dokonuje zastępca nadleśniczego. Razem ze zgłaszanym drzewem opisuje się także 4 drzewa porównawcze, aby wykazać jego większą wartość. Jako porównawcze wybiera się drzewa tego samego gatunku i wieku, o największej masie, w bliskim otoczeniu zgłaszanego drzewa. Drzewa te powinny być jednocześnie prawidłowo ukształtowane. Wypełnione „Zgłoszenie drzew” przesyła się do RDLP.

Wybrane drzewo może uznać tylko komisja, w skład której wchodzi pracownik Zakładu Nasiennictwa i Selekcji IBL, naczelnik wydziału Zagospodarowania Lasu RDLP i pracownik tego wydziału prowadzący sprawy selekcji. Drzewa mateczne uznaje się w danym nadleśnictwie w obecności co najmniej zastępcy nadleśniczego.

Drzewo uznane za mateczne oznacza się w terenie opaską szerokości 5 cm, wykonaną jasnożółtą farbą olejną na wysokości 1,5 m, oraz numerem, pod którym zostaje ono wpisane do „Rejestru drzew matecznych”. Cyfry numeru maluje się tą samą jasnożółtą farbą 10 cm nad opaską.

Do każdego drzewa matecznego wybiera się 4 drzewa porównawcze (podane w zgłoszeniu lub inne), które oznacza się cyframi 1-4, wykonanymi także jasnożółtą farbą. Drzewa mateczne nie podlegają wyrębowi. Jeżeli w gospodarczym drzewostanie nasiennym, w którym są drzewa mateczne, zakłada się zrąb w roku urodzaju, to wokół każdego drzewa matecznego należy pozostawić wszystkie drzewa i krzewy w promieniu 15-20 m jako otulinę tego drzewa. Otulinę tę zachowuje się tak długo, jak długo chronione przez nią drzewo mateczne wykazuje zadowalającą żywotność.

Gdy drzewo mateczne zostanie wywalone lub złamane przez wiatr, zniszczone przez piorun, doprowadzone do obumarcia przez grzyby czy szkodniki owadzie lub przestanie istnieć z innych przyczyn, nadleśnictwo musi niezwłocznie poinformować o tym Zakład Nasiennictwa i Selekcji IBL. W informacji nadleśnictwo podaje numer drzewa oraz datę i przyczynę jego obumarcia. Jest to niezbędne do wykreślenia drzewa z „Rejestru drzew matecznych”.

Drzewa mateczne stanowią bazę do zakładania plantacji nasiennych, które mają dostarczyć polskim lasom nasion do produkcji sadzonek o ulepszonych właściwościach hodowlanych.